A maior parte dos tecidos não pode ser observada in vivo. Devido a esse fato, eles devem ser submetidos a processos de fixação para que suas estruturas morfológicas mantenham-se preservadas. Vários processos degenerativos de autólise celular ocorrem logo após a morte dos tecidos. Seu conjunto recebe o nome de degeneração post-mortem. Para evitar essa autólise que inicia após a morte dos tecidos e a própria digestão do material por bactérias decompositoras, devem-se empregar substâncias que, ao se ligar aos principais componentes estruturais do tecido (geralmente proteínas), mantenham a estrutura do material a ser estudado. Esse processo de preservação dos componentes estruturais dos tecidos denomina-se fixação. As substâncias que executam o processo de fixação são chamadas fixadores. O mecanismo de ação dos fixadores é pouco conhecido e todos possuem vantagens e desvantagens. Os cientistas desenvolveram misturas empíricas de fixadores para compensar suas principais desvantagens. Os principais fixadores são: formol, líquido de Bouin, líquido de Helly, aldeído glutárico e tetróxido de ósmio.
Para que os componentes do tecido possam ser visualizados, a luz deve atravessá-los, dirigindo-se aos olhos do observador. Isto limita a espessura dos cortes a poucos micrometros. A fim de que os tecidos suportem o processo de corte, devem ser impregnados com parafina ou resinas epóxi (caso o corte seja mais delgado, utilizado em microscopia eletrônica). Esse processo chama-se impregnação. Antes da impregnação, a peça deve passar pelos processos de desidratação e diafanização.
Os processos histoquímicos de coloração permitem a observação dos componentes dos tecidos devido ao contraste que produzem ao ligarem-se distintamente a eles.
Princípios da histoquímica: o princípio básico da histoquímica é a localização de determinados compostos químicos a partir de técnicas de preparação. A observação da presença destes compostos nas células pode auxiliar muito na determinação das características celulares.
Para que os métodos histoquímicos obtenham sucesso, são necessários alguns requisitos básicos: o produto da reação histoquímica deve ser insolúvel e não-difusível, para que a determinação de sua localização seja precisa. Também é importante que o método utilizado seja específico para a substância ou grupo químico que está sendo analisado, para que não ocorram conclusões equivocadas.
Para mais informações sobre o reativo de Schiff, ver a técnica de coloração PAS, neste mesmo texto.
O RNA pode ser identificado porque possui alta basofilia (afinidade com corantes básicos). Porém, como em determinados tecidos existem outras substâncias de natureza basófila, é necessário um procedimento adicional, caso se deseje localizar apenas o RNA: devem-se preparar duas lâminas, uma contendo a enzima ribonuclease e outra sem esta enzima. Esta enzima digerirá o RNA presente na lâmina. Então, coram-se as duas lâminas com um corante basófilo. Fazendo-se a substração das duas imagens, perceber-se-ão os locais onde previamente havia RNA.